Οι αυτοάνοσες παθήσεις χαρακτηρίζονται από μία διάσπαση στην ανοσολογική αυτο-ανεκτικότητα (self tolerance) που μπορεί να ξεκινήσει από έναν επαγωγικό παράγοντα (stress, γονιδιακό ή περιβαντολλογικό κ.ά.).